Милен Любенов е преподавател в катедра "Политология" на Софийския университет "Св. Климент Охридски". Научните му интереси са в областта на политическите партии и партийните системи, сравнителната политология, българската политика.
Специализирал е европейски партии и партийни системи в Нидерландия. Автор е на монографията "Българската партийна система: групиране и структуриране на партийните предпочитания (1990 - 2009)". В периода 2012 - 2017 г. е секретар по вътрешна политика на президента на Република България и председател на Комисията по наименуване на обекти с национално значение и населени места към държавния глава. От 2018 г. е член на Управителния съвет на Българската асоциация за политически науки.